宝石のように美しいこの島国「パナウ」では、冷酷な独裁者「ベイビー・パナイ」の圧政と汚職を背景に、対立する反政府組織が各地でゲリラ活動を行っていた。
ある組織に所属し、革命や政権転覆などに精通したベテランエージェントだった過去を持つ、主人公「リコ・ロドリゲス」：コードネーム“スコーピオ”
一線を退いて久しい彼に再び与えられた任務は、彼の元上官であり、良き相談相手でもあった「トム・シェルドン」を探し出し始末すること―。
トムは組織の最高機密と数百万ドルの工作資金とともに、この楽園の島国「パナウ」で消息を絶ったのだった。
プレイヤーは組織の最も危険なエージェント「リコ・ロドリゲス」となり、シェルドンの行方を追いつつ、波乱の連鎖をパナウに巻き起こす。