連邦捜査局ロサンゼルス支局M.I.S.Tに所属する主人公アヤは、N.M.Cを狩るハンターとなった。
3年前のマンハッタン島封鎖事件以来、人類でもミトコンドリア生物でも無い存在になった 自分との戦いに答えを見出そうとしている。

基本操作はガンアクションRPGだが、 謎解きやキーアイテムの入手など、アドベンチャー要素も入っている。
前作に引き続き美麗なムービを随所に使用し、臨場感あふれるドラマシーンも見どころの一つ。