『チョコボの不思議なダンジョン２』では、ダンジョン内でも仲間キャラクター１体が一緒に行動します。
この仲間キャラクターは、もちろんバトルに際しても加勢してくれますが、キャラクターごとにその行動特性が異なり、チョコボへのアシストの仕方もそれぞれです。

様々な効果をもたらす不思議なハネ、新たな機能が追加された合成炉、白魔道士の女の子をめぐるストーリーなど、多くの要素が前作からパワーアップしています。