À sa sortie, Bubble Bobble introduisit un tout nouveau système de jeu, dans lequel les joueurs devaient vaincre les ennemis en les piégeant dans des bulles, qu'ils faisaient ensuite éclater.
En 1986, ce jeu d'action/puzzle mettait en scène les Bubble Dragons, "Bub" et "Bob".
Si le joueur pouvait terminer le titre en traversant les 100 niveaux, les développeurs avaient pris soin de cacher quelques éléments secrets, tels qu'une "vraie fin" accessible uniquement à deux, des commandes menant à des niveaux invisibles, ainsi que des tonnes d'autres objets.
Ce fut là l'un des points les plus appréciés. Chaque niveau disposait même de courants d'air propres ; les bulles s'envolaient alors de façon totalement imprévisible.
Ce parti pris de forcer les joueurs à comprendre et utiliser ces différents réseaux aériens firent de ce jeu une véritable révolution, à l'époque.