Devenu mercenaire dans une école militaire, Squall, le personnage principal, rencontre une jeune-fille du nom de Rinoa lors d'une soirée.
Alors même qu'il s'était interdit jusqu'alors tout lien avec ses contemporains, Squall finit par tomber sous le charme de Rinoa et de sa liberté de pensée.
Entre-temps, la puissante nation de Galbadia déclare la guerre au reste du monde.
C'est pendant le discours du président belliqueux qu'une sorcière que l'on pensait à tout jamais oubliée refait surface...