In der Stadt Midgar regiert das Megaunternehmen Shinra, Inc. Eines Tages jagt die gegnerische Organisation AVALANCHE einen Mako-Reaktor in die Luft.
Als Gehilfe steht der Gruppe ein Söldner namens Cloud zur Verfügung. Er spielt die Hauptrolle in den Ereignissen, die sich im Verlauf der Geschichte zu einem Überlebenskampf des Planeten entwickeln.